La Auditoría Interna es un órgano asesor del Consejo Institucional, cuyo marco de actuación se regula por el Manual de Normas Técnicas de Auditoría para la Contraloría General de la República y las entidades y órganos sujetos a su fiscalización, las normas y procedimientos de auditoría establecidos por el Colegio de Contadores Públicos de Costa Rica y las disposiciones internas emitidas por el Consejo Institucional tendientes a favorecer el desempeño del cumplimiento de la funciones de auditoría.